Impostazioni

La schermata di configurazione del microarray viene visualizzata dopo aver selezionato l’applicazione Microarray dalla scheda Nucleic Acids (Acidi nucleici) nella schermata iniziale. Per mostrare le impostazioni di Microarray dalla schermata di misurazione Microarray, selezionare Microarray Setup (Configurazione microarray) .

Impostazione | Opzioni disponibili | Descrizione
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Denominazione automatica | Attivata o disattivata | Se attivata, a ciascun campione viene assegnato un nome di base predefinito (“campione”), seguito dal numero del campione nella sequenza. Ad esempio, il primo campione viene denominato “Campione 1” seguito da “Campione 2”, ecc.; è possibile modificare il nome di base predefinito e sovrascrivervi qualsiasi nome di campione.
Tipo di campione e fattore | dsDNA (con fattore non modificabile di 50 ng-cm/µL) | Valore ampiamente accettato per il DNA a doppio filamento
| ssDNA (con fattore non modificabile di 33 ng-cm/µL) | Valore ampiamente accettato per il DNA a singolo filamento
| RNA (con fattore non modificabile di 40 ng-cm/µL) | Valore ampiamente accettato per l’RNA
| Oligo DNA con fattore calcolato non modificabile in ng-cm/µL | Fattore calcolato dalla sequenza di basi del DNA definita dall’utente. Quando l’opzione è selezionata, le unità base del DNA disponibili (vale a dire, G, A, T, C) vengono visualizzate come chiavi. Definire la sequenza toccando i tasti appropriati. Il fattore viene calcolato automaticamente in base al valore ampiamente accettato per ciascuna unità base.
| Oligo RNA con fattore calcolato non modificabile in ng-cm/µL | Fattore calcolato a partire dalla sequenza di basi dell’RNA definita dall’utente. Quando l’opzione è selezionata, le unità base dell’RNA disponibili (vale a dire, G, A, U, C) vengono visualizzate come chiavi. Definire la sequenza toccando i tasti appropriati. Il fattore viene calcolato automaticamente in base al valore ampiamente accettato per ciascuna unità base.
| Personalizzato (con fattore specificato dall’utente in ng-cm/µL) | Inserire un fattore compreso tra 15 ng-cm/µL e 150 ng-cm/µL
Tipo di colorante 1/colorante 2 a | Cy3, 5, 3.5 o 5.5, Alexa Fluor 488, 546, 555, 594, 647 o 660 | Selezionare il/i colorante/i predefinito/i utilizzato/i per contrassegnare il materiale del campione o uno che è stato aggiunto utilizzando l’editor dei coloranti.
Unità colorante 1/colorante 2 | picomoli/microlitro (pmol/uL), micromoli (uM) o millimoli (mM) | Selezionare l’unità per la segnalazione delle concentrazioni di colorante
Correzione dell’analisi b | Attivata o disattivata Inserire la lunghezza d’onda di correzione dell’analisi in nm o utilizzare il valore predefinito (340 nm) | Corregge eventuali scostamenti causati da particelle di dispersione della luce sottraendo l’assorbanza misurata alla lunghezza d’onda di correzione della linea di base specificata dai valori di assorbanza a tutte le lunghezze d’onda nello spettro del campione. Il valore corretto viene utilizzato per calcolare la concentrazione del campione. Suggerimento: se il campione presenta una modifica che assorbe la luce a 340 nm, selezionare una lunghezza d’onda di correzione diversa o disattivare la funzione di correzione dell’analisi.

aPer aggiungere un colorante personalizzato o modificare l’elenco dei coloranti disponibili, utilizzare l’editor dei coloranti/cromofori. bLa correzione dell’analisi influisce solo sul calcolo della concentrazione di acido nucleico.

Editor dei coloranti/cromofori

Utilizzare l’editor dei coloranti/cromofori per aggiungere un colorante personalizzato all’elenco dei coloranti disponibili in Microarray Setup (Configurazione microarray) o Proteins & Labels Setup (Configurazione proteine ed etichette). È anche possibile specificare quali coloranti sono disponibili in tale elenco.

Per accedere all’editor dei coloranti/cromofori:

• Nella schermata iniziale, selezionare Settings (Impostazioni) , quindi selezionare Dye Editor (Editor dei coloranti)

Nell’editor dei coloranti/cromofori sono disponibili le seguenti opzioni:

Aggiungere un colorante personalizzato

1. Nell’editor dei coloranti, selezionare per visualizzare la casella Add Dye (Aggiungi colorante).

2. Inserire un Nome univoco per il nuovo colorante (toccare il campo per visualizzare la tastiera quando si utilizza il software di controllo locale e selezionare Done (Fatto) per chiudere la tastiera).

3. Selezionare l’unità predefinita che verrà utilizzata per visualizzare la concentrazione di colorante.

4. Inserire il coefficiente di estinzione del colorante (o costante di assorbimento molare) in L/mole-cm (in genere fornito dal produttore del colorante).

5. Specificare la lunghezza d’onda in nm (tra 350 nm e 840 nm) che verrà utilizzata per misurare l’assorbanza del colorante.

6. Specificare i valori di correzione del colorante a 260 nm e 280 nm

7. Selezionare Save (Salva) per chiudere la casella Add Dye (Aggiungi colorante).

Il nuovo colorante personalizzato viene visualizzato negli elenchi relativi al colorante 1 e al colorante 2 in Microarray Setup (Configurazione microarray) e Proteins and Labels Setup (Configurazione proteine ed etichette).

Nota Per determinare i valori di correzione del colorante (se non disponibili presso il produttore del colorante): –Utilizzare lo strumento per misurare il colorante puro e annotare l’assorbanza a 260 nm, 280 nm e alla lunghezza d’onda di analisi per il colorante (vedere sopra) –Calcolare il rapporto di A260/Alunghezza d’onda colorante e inserire tale valore per la correzione a 260 nm –Calcolare il rapporto di A280/Alunghezza d’onda colorante e inserire tale valore per la correzione a 280 nm

Selezionando un colorante personalizzato prima di una misurazione, vengono riportati i valori di assorbanza e concentrazione del colorante e le correzioni vengono applicate ai valori di assorbanza del campione misurati, nonché alle concentrazioni del campione e ai rapporti di purezza risultanti.

Modificare un colorante personalizzato

Suggerimento I coloranti predefiniti nel software non possono essere modificati.

1. Nell’editor dei coloranti, selezionare nella riga del colorante personalizzato desiderato che deve essere modificato.

2. Selezionare .

3. Modificare tutti i valori inseriti o le impostazioni.

4. Selezionare Save (Salva).

Eliminare un colorante personalizzato

Suggerimento I coloranti predefiniti nel software non possono essere modificati.

1. Nell’editor dei coloranti selezionare uno o più coloranti personalizzati da eliminare utilizzando le caselle di controllo a sinistra di ciascun colorante personalizzato desiderato.

2. Selezionare .

3. Selezionare Yes (Sì) per confermare l’eliminazione.

AVVISO L’eliminazione di un colorante personalizzato rimuove dal software in modo permanente il colorante e tutte le informazioni associate.