Eseguire una misurazione in Oligo DNA o RNA

Utilizzare le applicazioni Oligo DNA e Oligo RNA per quantificare gli oligonucleotidi che assorbono la luce a 260 nm. I coefficienti di estinzione molare vengono calcolati automaticamente in base alla sequenza di basi del campione definita dall’utente. Queste applicazioni riportano la concentrazione di acido nucleico e due rapporti di assorbanza (A260/A280 e A260/A230). Può essere utilizzata anche una correzione della linea di base a punto singolo.

Prima di cominciare...

Prima di eseguire le misurazioni dal piedistallo con lo strumento NanoDrop Ultra, sollevare il braccio dello strumento e pulire i piedistalli superiore e inferiore. Come procedura minima, pulire i piedistalli con una salvietta da laboratorio nuova. Per ulteriori informazioni, vedere Pulizia dei piedistalli.

Nota Se l’oligonucleotide è stato modificato, ad esempio con un colorante fluoroforo, contattare il produttore dell’oligo per stabilire se la modifica contribuisce all’assorbanza a 260 nm. In tal caso, si consiglia di utilizzare l’applicazione Microarray per quantificare la concentrazione di acido nucleico. L’applicazione Microarray include una correzione per rimuovere dal risultato della quantificazione dell’oligo qualsiasi contributo di assorbanza dovuto al colorante.

AVVISO • Non utilizzare flaconi a spruzzo o spray sullo strumento o nelle sue vicinanze, poiché i liquidi potrebbero penetrare al suo interno e causare danni permanenti. • Non utilizzare acido fluoridrico (HF) sui piedistalli.Gli ioni fluoruro danneggiano in modo permanente i cavi in fibra ottica di quarzo.

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Procedura

1. Nella schermata iniziale, selezionare la scheda Nucleic Acids (Acidi nucleici), quindi selezionare Oligo DNA o Oligo RNA, secondo il caso.

2. Configurare tutte le opzioni di configurazione desiderate e selezionare Save (Salva).

3. Se si utilizza un modello NanoDrop Ultrac o NanoDrop Ultrac FL, selezionare il percorso di misurazione corretto.

–Se si utilizza una cuvetta, selezionare Cuvette (Cuvetta) dal menu a discesa nella parte superiore dello schermo; in questo modo verranno visualizzate le impostazioni della cuvetta. Selezionare la lunghezza del percorso, la velocità di agitazione e il riscaldamento desiderati, quindi chiudere il menu a discesa.

–Quando si utilizza il piedistallo per la misurazione, lasciare selezionata l’opzione Pedestal (Piedistallo) nella parte superiore dello schermo.

4. Pipettare 1–2 µL di soluzione di bianco sul piedistallo inferiore e abbassare il braccio, oppure inserire la cuvetta di bianco nel portacuvette.

Suggerimento: se si utilizza una cuvetta, assicurarsi di allineare il percorso ottico della cuvetta con il percorso ottico dello strumento.

5. Selezionare Blank (Bianco) e attendere il completamento della misurazione.

Suggerimento: se l’opzione Auto-Blank (Bianco automatico) è attivata, la misurazione del bianco inizia automaticamente quando si abbassa il braccio.(Questa opzione non è disponibile per le misurazioni in cuvetta.)

6. Sollevare il braccio e pulire entrambi i piedistalli con una salvietta da laboratorio nuova, oppure rimuovere la cuvetta per il bianco.

7. Pipettare 1-2 µl di soluzione campione sul piedistallo o inserire la cuvetta del campione nel portacuvette.

8. Avviare la misurazione del campione:

–Piedistallo: se l’opzione If Auto-Measure (Misurazione automatica) è attivata, abbassare il braccio; se Auto-Measure (Misurazione automatica) è disattivata, abbassare il braccio e selezionare Measure (Misura).

–Cuvetta: selezionare Measure (Misura).

Al termine della misurazione del campione, vengono visualizzati lo spettro
e i valori riportati (vedere la sezione successiva).

9. Al termine della misurazione dei campioni, selezionare End Experiment (Termina esperimento).

10. Sollevare il braccio e pulire entrambi i piedistalli con una salvietta da laboratorio nuova, oppure rimuovere la cuvetta con il campione.

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