マイクロアレイ測定の算出

その他の核酸アプリケーションと同様に、マイクロアレイアプリケーションは 改良したランベルト・ベールの方程式 を使用して、吸光係数と光路長が組み合わされて「係数」と呼ばれるサンプル濃度を計算します。マイクロアレイアプリケーションには 6 つのオプションがあり (右に示されています)、測定された各サンプルに適切な係数を選択することができます。係数はサンプル濃度を算出するためにベールの法則と併用されます。 係数が分かっている場合、[Custom Factor（カスタム係数）]オプションを選択し、係数を ng-cm/μLで入力します。係数が分からない場合は、サンプル溶液に最適なオプションを選択します。 ヒント：理想的には、吸光係数は同じ緩衝液を使用した既知濃度の試験核酸溶液を使用して実験的に決定される必要があります。 |  | 係数に利用可能なオプション • dsDNA（係数 = 50 ng-cm/µL） • ssDNA（係数 = 33 ng-cm/µL） • RNA（係数 = 40 ng-cm/µL） • オリゴ DNA (ユーザーが入力した DNA ヌクレオチド配列から算出) • オリゴ RNA (ユーザーが入力した RNA ヌクレオチド配列から算出) • カスタム係数（15ng-cm/µL ～ 150ng-cm/µLの間のユーザーが入力した係数） 注記：詳細については、「サンプルタイプ」を参照してください。
算出される核酸濃度は、260 nmでの吸光度値、使用される係数、およびサンプル光路長に基づきます。シングルポイントベースライン補正（または分析補正）も適用できます。 濃度は、質量単位として報告されます。計算器はインターネット上で利用可能で、サンプル配列に基づいて濃度を質量単位からモル単位に変換します。 260 nm と280 nm、場合によって230 nmでの吸光度値が、測定された核酸サンプルの純度比を算出するために使用されます。純度比は、サンプルの精製時に通常使用される残留溶剤および試薬など、サンプル中の不純物の存在に影響を受けます。 |  | 測定値 A260吸光度 注記：850 nmでの吸光度値は、スペクトル内のすべての波長から差し引かれます。その結果、850 nmでの吸光度は、表示されるスペクトル内でゼロになります。また、マイクロボリューム吸光度測定および標準外（10 mm以外）のキュベットを使用した測定では、スペクトルは10 mm光路長相当に規格化されます。 • すべてのマイクロアレイサンプルタイプの核酸吸光度値は、850 補正および正規化されたスペクトルを使用して、260nm で測定されます。 • 分析補正が選択された場合、補正波長での吸光度値は、260nm での吸光度から差し引かれます。 • 1つ以上の色素が選択された場合、260 nmでの色素補正値も260 nmでの吸光度から差し引かれます。 • 260nm での最終補正吸光度は、報告され、サンプル濃度を計算するために使用されます。 A280吸光度 • 280nm で 850 補正および正規化された吸光度値 (A280 色素補正を引いた) は、A260/A280 比で計算するために使用されます。
色素濃度は、色素の分析波長、色素の吸光係数、およびサンプルの光路長での吸光度値から算出されます。 |  | 色素吸光度 • 色素吸光度値は特定の波長で測定されます。使用される分析波長については、「色素/クロモフォア編集」を参照してください。 • ベースライン補正された色素吸光度値は、報告され、色素濃度を算出するために使用されます。 色素補正 • 事前定義された色素には、A260およびA280の既知の補正値があります。使用される補正値については、「色素/クロモフォア編集」を参照してください。 • A260色素補正は、核酸濃度を算出するために使用されるA260吸光度値、およびA260/A280純度比を算出するために使用されるA260吸光度値から差し引かれます。
|  | サンプル光路長 • マイクロボリューム測定の場合、分析波長でサンプル吸光度に基づいて、最適な光路長（1.0 mm ～ 0.03 mmの範囲）が選択されます。 • キュベット測定の場合、キュベットモードに切り替えた後に選択された光路長が使用されます。「キュベット設定」を参照してください。 • 表示されるスペクトルおよび吸光度値は、10 mm光路長相当に正規化されます。
|  | 測定値 • 核酸濃度 選択した単位（つまり、ng/µL、µg/uL、またはµg/mL）で報告されます。算出は、補正された核酸吸光度値を使用する、変形されたベールの法則に基づきます。 • A260/A280純度比 280 nmで補正された吸光度に対する、260 nmで補正される吸光度の比率。1.8以下の A260/A280 純度比は、DNAに対して「純粋」と一般に認められています（RNAの場合は2.0以下）。酸性溶液では、0.2 ～ 0.3 までの報告された値が過小評価されます。基本溶液についてはその逆も言えます。 • 色素1/色素2濃度 pmol/µL単位で報告されます。算出は、ベースライン補正された色素吸光度値を用いたベールの法則に基づいて行われます。 注記：純度比はサンプル品質の重要な指標ですが、DNAまたはRNAの品質の最適な指標は、関心のある下流アプリケーション（マイクロアレイなど）の機能性です。

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