Pomiar Oligo DNA lub Oligo RNA

Funkcje Oligo DNA i Oligo RNA służą do ilościowego oznaczania oligonukleotydów, które absorbują przy 260 nm. Molowe współczynniki ekstynkcji są obliczane automatycznie na podstawie zdefiniowanej przez użytkownika sekwencji bazowej próbki. Funkcje te raportują stężenie kwasu nukleinowego i dwa współczynniki absorbancji (A260/A280 i A260/A230). Można również zastosować jednopunktową korektę sygnału bazowego.

Przed rozpoczęciem pracy...

Przed rozpoczęciem pomiarów za pomocą instrumentu NanoDrop Ultra należy podnieść ramię i wyczyścić górną i dolną podstawę. Należy przynajmniej przetrzeć podstawy nową ściereczką laboratoryjną. Więcej informacji znajduje się w punkcie Czyszczenie podstaw.

Uwaga Jeśli oligonukleotyd został zmodyfikowany, na przykład barwnikiem fluoroforowym, należy skontaktować się z producentem oligonukleotydu, aby ustalić, czy modyfikacja przyczynia się do absorbancji przy 260 nm. Jeśli tak jest, zalecamy użycie funkcji Microarray (Mikromacierz) do ilościowego oznaczenia stężenia kwasu nukleinowego. Funkcja Microarray (Mikromacierz) zawiera korektę usuwającą z wyniku kwantyfikacji oligo jakikolwiek wpływ absorbancji spowodowany barwnikiem.

UWAGA • Nie należy spryskiwać instrumentu bezpośrednio lub używać spryskiwacza w jego pobliżu, ponieważ płyny mogą przedostać się do jego wnętrza i spowodować trwałe uszkodzenia. • Nie należy używać kwasu fluorowodorowego na podstawach. Jony fluorkowe trwale uszkadzają przewody światłowodowe wykonane z włókna kwarcowego.

/

Procedura

1. Na ekranie głównym należy wybrać zakładkę Nucleic Acids (Kwasy nukleinowe), a następnie Oligo DNA lub Oligo RNA, w zależności od potrzeb.

2. W razie potrzeby można zmienić setup options (opcje ustawień) i wybrać Save (Zapisz).

3. Jeśli używany jest model NanoDrop Ultrac lub NanoDrop Ultrac FL, należy wybrać odpowiednią ścieżkę pomiarową.

–W przypadku korzystania z kuwety należy wybrać opcję Cuvette (Kuweta) z rozwijanego menu w górnej części ekranu, co spowoduje wyświetlenie ustawień kuwety. Należy wybrać żądaną długość ścieżki, prędkość mieszania i ogrzewania, a następnie zamknąć rozwijane menu.

–Jeśli do pomiaru używana jest podstawa, należy pozostawić zaznaczone ustawienie Pedestal (Podstawa) w górnej części ekranu.

4. Odmierzyć pipetą 1−2 µl roztworu do próby pustej na dolną podstawę i opuścić ramię lub włożyć kuwetę do próby pustej w uchwyt kuwety.

Wskazówka: W przypadku korzystania z kuwety należy upewnić się, że ścieżka optyczna kuwety jest dopasowana do ścieżki optycznej instrumentu.

5. Wybrać opcję Blank (Próba pusta) i poczekać na zakończenie pomiaru.

Wskazówka: Jeśli opcja Auto-Blank (Automatyczna próba pusta) jest włączona, pomiar pusty rozpocznie się automatycznie po opuszczeniu ramienia. (Opcja niedostępna dla pomiarów kuwetowych).

6. Podnieść ramię i wyczyścić obie podstawy nową ściereczką laboratoryjną lub wyjąć kuwetę do próby pustej.

7. Odmierzyć pipetą 1−2 µl roztworu próbki na podstawę lub włożyć kuwetę z próbką w uchwyt kuwety.

8. Rozpocząć pomiar próbki:

–Podstawa: Jeśli funkcja Auto-Measure (Pomiar automatyczny) jest włączona, opuścić ramię; jeśli funkcja automatycznego pomiaru jest wyłączona, opuścić ramię i wybrać opcję Measure (Pomiar).

–Kuweta: Wybrać opcję Measure (Pomiar).

Po zakończeniu pomiaru próbki, wyświetlane jest widmo i raportowane wartości (patrz następny punkt).

9. Po zakończeniu pomiaru próbek, wybrać opcję End Experiment (Zakończ eksperyment).

10. Podnieść ramię i wyczyścić obie podstawy nową ściereczką lub wyjąć kuwetę z próbką.

Powiązane tematy

• Najlepsze praktyki dotyczące pomiarów kwasów nukleinowych

• Pomiar próbek mikroobjętościowych

• Pomiar próbki przy użyciu kuwety

• Najlepsze praktyki dotyczące pomiarów mikroobjętości

• Najlepsze praktyki dotyczące pomiarów z użyciem kuwety

• Przygotowywanie próbek i prób pustych

• Podstawowa obsługa instrumentu