Ustawienia

Ekran Microarray Setup (Ustawienia mikromacierzy) pojawia się po wybraniu funkcji Microarray (Mikromacierz) z zakładki Nucleic Acids (Kwasy nukleinowe) na ekranie głównym. Aby wyświetlić Microarray Setup (Ustawienia mikromacierzy), należy wybrać tę opcję na ekranie pomiarowym Microarray (Mikromacierz)

Ustawienia | Dostępne opcje | Opis
--- | --- | ---
Auto Naming (Automatyczne nazywanie) | On (Włączone) lub Off (Wyłączone) | Gdy opcja ta jest włączona, każdej próbce nadawana jest domyślna nazwa podstawowa „sample”, po której następuje numer próbki w sekwencji. Na przykład pierwsza próbka będzie miała nazwę „Sample 1”, a następnie „Sample 2” itd. Można edytować domyślną nazwę podstawową i nadpisać ją dowolną nazwą próbki.
Sample type and Factor (Typ próbki i parametr) | dsDNA (z nieedytowalnym parametrem 50 ng-cm/µl) | Powszechnie akceptowana wartość dla dwuniciowego DNA
| ssDNA (z nieedytowalnym parametrem 33 ng-cm/µl) | Powszechnie akceptowana wartość dla jednoniciowego DNA
| RNA (z nieedytowalnym parametrem 40 ng-cm/µl) | Powszechnie akceptowana wartość dla RNA
| Oligo DNA z nieedytowalnym, obliczonym parametrem w ng-cm/µl | Współczynnik obliczany na podstawie sekwencji zasad DNA zdefiniowanej przez użytkownika. Po wybraniu tej opcji dostępne zasady DNA (tj. G, A, T, C) będą wyświetlane jako symbole. Należy zdefiniować sekwencję, wybierając odpowiednie symbole. Parametr jest obliczany automatycznie na podstawie powszechnie przyjętej wartości każdej zasady podstawowej.
| Oligo RNA z nieedytowalnym, obliczonym parametrem w ng-cm/µl | Współczynnik obliczany na podstawie sekwencji zasad RNA zdefiniowanej przez użytkownika. Po wybraniu tej opcji dostępne zasady RNA (tj. G, A, U, C) będą wyświetlane jako symbole. Należy zdefiniować sekwencję, wybierając odpowiednie symbole. Parametr jest obliczany automatycznie na podstawie powszechnie przyjętej wartości każdej zasady podstawowej.
| Niestandardowy (z parametrem określonym przez użytkownika w ng-cm/µl) | Należy wprowadzić parametr o wartości pomiędzy 15 ng-cm/µl a 150 ng-cm/µl
Dye 1/Dye 2 Type (Typ barwnika 1/ barwnika 2)a | Cy3; 5; 3,5; lub 5,5; Alexa Fluor 488, 546, 555, 594, 647, lub 660 | Należy wybrać wstępnie zdefiniowane barwniki używane do oznaczania materiału próbki lub barwniki dodane za pomocą edytora barwników.
Dye 1/Dye 2 Unit (Jednostka barwnika 1/ barwnika 2) | pikomole/mikrolitr (pmol/µl), mikromole (µM) lub milimole (mM) | Należy wybrać jednostkę do raportowania stężenia barwnika
Analysis Correction (Korekta analizy)b | On (Włączone) lub Off (Wyłączone) Należy wprowadzić wartość korekty długości fali w nm lub użyć wartości domyślnej (340 nm) | Koryguje pomiar absorbancji próbki o wszelkie przesunięcia spowodowane rozpraszaniem światła przez cząstki stałe, poprzez odjęcie absorbancji zmierzonej po korekcie długości fali od wartości absorbancji dla długości fali analizy. Skorygowana wartość jest używana do obliczenia stężenia próbki. Wskazówka: Jeśli próbka ma modyfikację, która pochłania światło o długości fali 340 nm, należy wybrać inną korektę długości fali lub wyłączyć korektę analizy.

aAby dodać niestandardowy barwnik lub przeprowadzić edycję listy dostępnych barwników, należy skorzystać z edytora barwników/chromoforów. bKorekta analizy wpływa wyłącznie na obliczenia stężenia kwasu nukleinowego.

Edytor chromoforów/barwników

Edytora chromoforów/barwników należy użyć, aby dodać niestandardowy barwnik do listy dostępnych barwników w Microarray Setup (Ustawienia mikromacierzy) lub Proteins & Labels Setup (Ustawienia białek i etykiet). Można także określić, które barwniki będą wyświetlane na tej liście.

Aby uzyskać dostęp do edytora chromoforów/barwników:

• Na ekranie głównym wybrać opcje Settings (Ustawienia) , a następnie Dye Editor (Edytor barwników)

Operacje dostępne w edytorze barwnika/chromoforu:

Dodaj barwnik niestandardowy

1. Z poziomu opcji Dye Editor (Edytor barwników) można wybrać opcję ; pojawi się pole Add Dye (Dodawanie barwnika).

2. Należy podać unikalną nazwę Name (Nazwa barwnika) dla nowego barwnika (należy wybrać opcję, aby wyświetlić klawiaturę podczas korzystania z lokalnego oprogramowania sterującego, wybrać Done (Gotowe), aby zamknąć klawiaturę).

3. Wybrać domyślną Unit (Jednostkę), która będzie używana do wyświetlania stężenia barwnika.

4. Wprowadzić Extinction Coefficient (Współczynnik ekstynkcji) barwnika (lub molowa stała absorpcji) w l/mol-cm (zazwyczaj podawana przez producenta barwnika).

5. Podać Wavelength (Długość fali) w nm (pomiędzy 350 nm a 840 nm), która będzie używana do pomiaru absorbancji barwnika.

6. Podać wartości korekty barwnika przy 260 nm oraz 280 nm

7. Wybrać Save (Zapisz), aby zamknąć pole Add Dye (Dodawanie barwnika).

Nowy niestandardowy barwnik pojawi się w Dye 1 (Barwnik 1) i Dye 2 (Barwnik 2) na listach Microarray Setup (Ustawienia mikromacierzy) i Proteins & Labels Setup (Ustawienia białek i etykiet).

Uwaga Aby określić wartości korekty barwnika (jeśli nie są dostępne od producenta barwnika): –należy użyć instrumentu do pomiaru czystego barwnika i zanotować absorbancję przy 260 nm, 280 nm i przy długości fali analizy dla barwnika (patrz wyżej) –obliczyć stosunek A260/Adługość fali barwnika i wpisać tę wartość dla korekty 260 nm –obliczyć stosunek A280/Adługość fali barwnika i wpisać tę wartość dla korekty 280 nm

Po wybraniu niestandardowego barwnika przed pomiarem, wartości absorbancji i stężenia barwnika są raportowane, a korekty są stosowane do zmierzonych wartości absorbancji próbki oraz do wynikowych stężeń próbki i współczynników czystości.

Edycja niestandardowego barwnika

Wskazówka Barwniki wstępnie zdefiniowane w oprogramowaniu nie mogą być edytowane.

1. W Dye Editor (Edytor barwników) należy wybrać w danym wierszu barwnika niestandardowego, który ma być edytowany.

2. Wybrać .

3. Tutaj można dokonać edycji wpisów i ustawień.

4. Wybrać Save (Zapisz).

Usuwanie niestandardowego barwnika

Wskazówka Barwniki wstępnie zdefiniowane w oprogramowaniu nie mogą być usunięte.

1. W edytorze barwników należy wybrać jeden lub więcej niestandardowych barwników do usunięcia, korzystając z pól wyboru po lewej stronie każdego wybranego barwnika niestandardowego.

2. Wybrać .

3. Kliknąć Yes (Tak), aby potwierdzić usunięcie.

UWAGA Usunięcie niestandardowego barwnika trwale usuwa barwnik i wszystkie powiązane z nim informacje z oprogramowania.